Предимствата от използването на гел електрофореза
агарозен гел се излива лесно за употреба и проби могат лесно да бъдат възстановени . Гелът е силно модифицирана за увеличаване на разстоянието между големи и малки ДНК молекули . Тъй като тя е направена от захар присъства в морски водорасли , агарозен е по-евтино от алтернативи и по-безопасна гел продукт за употреба при електрофореза.
Акриламид Gel
Подобно агароза, акриламид е лесно да се променят . С по-висок капацитет на натоварване , може да работи повече проби на същата . Това е основно предимство над агарозен е , че акриламидът е по-малки пори , което го прави по-подходящ за отделяне на малки ДНК молекули, които агарозен гел не биха могли да се разделят. Въпреки това, бълбука е по-голям проблем за акриламид, и , тъй като акриламид е невротоксин , тя може да бъде много опасно да се работи.