Какво се случва с пепсина, който навлиза в тънките черва?

Пепсинът, който навлиза в тънките черва, се инактивира от алкалното рН на тънките черва. Пепсинът е кисела протеаза, която функционира оптимално в киселата среда на стомаха. Когато навлезе в тънките черва, чието pH е около 8, то губи своята активност и вече не е в състояние да разгражда протеините. Панкреасът също отделя бикарбонатни йони в тънките черва, което допълнително помага за неутрализиране на киселинния химус и създаване на среда, която е по-подходяща за другите храносмилателни ензими, като панкреатични протеази и липази.