Как са свързани hicv и?
Тези техники измерват честотата на физическите взаимодействия между различни региони на генома, предоставяйки представа за структурата на хроматина от по-висок порядък и регулаторните взаимодействия на дълги разстояния. Ето някои често използвани Hi-C и сродни техники:
1. Hi-C (улавяне на конформация на хроматин с висока пропускателна способност):
Това е оригиналната и най-широко използвана Hi-C техника. Това включва омрежване на взаимодействащи хроматинови сегменти, фрагментиране на ДНК и след това свързване на ДНК фрагментите заедно. След това лигираните фрагменти се секвенират и получените данни се използват за генериране на карта на взаимодействие в целия геном.
2. 5C (Улавяне на кръгова хромозомна конформация):
Тази техника е подобна на Hi-C, но използва различен метод за подготовка на библиотека, който води до кръгови ДНК фрагменти. Циркуляризацията позволява по-ефективно улавяне на взаимодействия на дълги разстояния и може да осигури данни с по-висока разделителна способност в определени региони на генома.
3. ChIA-PET (анализ на взаимодействието на хроматина чрез секвениране на таг в двоен край):
Тази техника комбинира имунопреципитация на хроматин (ChIP) с Hi-C, за да идентифицира взаимодействията на дълги разстояния, свързани със специфични протеини или хистонови модификации. Може да се използва за картографиране на взаимодействията на специфични транскрипционни фактори или други регулаторни протеини с техните целеви гени.
4. PLAC-seq (Секвениране на хроматин с помощта на близко лигиране):
Тази техника използва проксимативно лигиране за улавяне на взаимодействащи ДНК фрагменти преди секвениране. Той дава възможност за откриване на взаимодействия с по-висока разделителна способност в сравнение с традиционните Hi-C методи и може да предостави информация за ориентацията на взаимодействащите последователности.
5. Заснемане на Hi-C:
Тази техника използва биотинилирани РНК сонди за обогатяване за взаимодействия между специфични геномни региони от интерес. Чрез проектиране на сонди, насочени към специфични локуси, Capture Hi-C позволява целеви анализ на геномни взаимодействия по специфичен за региона начин.
Всяка от тези техники предоставя ценна информация за триизмерната организация на генома и е допринесла за нашето разбиране за генната регулация, динамиката на хроматина и ядрената архитектура. Изборът на техника често зависи от конкретния изследователски въпрос и желаното ниво на разделителна способност и възможност за картографиране.
